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灯塔般的神器
如果要问最近几年哪个领域最火，相信单细胞测序必然会一马当先，力压群雄。的确，单细胞测序领域近些年的发展是大家有目共睹的，仅仅是2019上半年，单细胞测序就已经发表了80余篇CNS主刊，着实让人惊叹。
这么火爆的领域，像我这样的普通学者（经费相对较少）怎样才能免费分一杯羹呢？今天笔者给大家分享一个超好用的单细胞数据挖掘神器——CancerSEA，让你也能轻松愉快的分享单细胞测序这杯热羹。
CancerSEA（癌症单细胞状态图谱）是第一个专门的单细胞测序数据库，旨在全面探索单细胞水平上癌细胞的不同功能状态。网址为http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/ 。
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CancerSEA数据库是由哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院肖云副教授开发的一个单细胞测序数据库，相关论文于2019年1月发表在Nucleic Acids ReSearch杂志上（影响因子为11.147）。
CancerSEA数据库中的单细胞测序结果来源于SRA，GEO和 ArrayExpress网站中的72个数据集，总共收录了25种癌症的41900个肿瘤细胞；功能分析结果来源于HCMDB，Cyclebase和StemMapper等数据集，总共重新定义了14种功能状态。
通过对这些单细胞进行功能状态注释，作者构建了CancerSEA数据库。利用该数据库，我们可以进行“gene search”，“State Search”，“Browse state atlas”，“Browse dataset information”和“Download”
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CancerSEA数据库使用方法
进入CancerSEA数据库官网，在“Functional states”栏目中，可以看到该网站展示了14种功能状态；在“Statistic”栏目中介绍了该网站的样本容纳量，包含18895个编码蛋白基因和15571条LncRNA。
选择“search”栏目即可进入检索页面，在此页面中可以看到有两种检索方式：第一，根据基因或者LncRNA查找特定癌症中其功能状态；第二，根据功能状态查找基因或者LncRNA。下面我一一为大家介绍。
1. 根据基因或者LncRNA查找功能
在搜索栏中输入待查询基因或者LncRNA名称，这里以“TP53”为例，点击“Search”即可获得TP53相关描述。
根据提示，点击“Gene Symbol/ID”可以获得基因在各种肿瘤中的表达情况，而且还可以下载不同格式的图片。
接下来可以看到TP53在不同肿瘤中与14种功能状态的相关性。其中红色圆圈表示正相关，蓝色圆圈表示负相关，圆圈越大，表示相关性越高。将鼠标至于任意一圆圈中，还可以看到具体的相关系数和P值。
如果你嫌弃这种逐一移动鼠标太麻烦，也可以点击后方的“correlation data table”，这样可以更清晰看到相关性，而且该表格同样可以下载。
将网页下拉，你也可以选择任意肿瘤类型，查看在特定肿瘤中基因表达与功能状态之间相关性热图。
除此之外，还可以查看到基因表达分布。
2. 根据功能状态查找基因或者LncRNA
在查询栏目中选择肿瘤类型“乳腺癌”，在功能状态栏目中选择“炎症”。
点击“search”，获得乳腺癌中炎症活化情况，可以看到该结果有4个单细胞测序数据集相关报道，这里我们选择细胞数目最多的一项。
点击进入后，可以看到在乳腺癌中，与炎症活性密切相关的基因，点击“correlation”后方的上下箭头就可以查找出正相关或者负相关最大的几个基因，然后我们就可以探究在乳腺癌中，这些基因对炎症反应的调控作用，妥妥的一堆课题。
当然，除了可以查找到基因，还可以查询到相关性最大的LncRNA，这对于没有课题思路的科研同行们来说绝对是好用到爆。
继续将网页下拉，还可以查到在乳腺癌中，基因的功能富集情况，有GO和KEGG两种形式，最难得的是这些数据都可以下载使用，简直不能再好了。
总体来说，这个单细胞数据库相当好用，不仅能为你提供大量的课题，还能在你进行功能研究而不知所措时，给你一个大概的功能状态，提供让人醍醐灌顶的思路。最后，希望各位科研同行也能借助单细胞这股东风，好好发高分文章。
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